钱学森还在“两弹一星”的许多领导部门推广美国的“计划和谐技能（PERT）”，墙上挂起计划流程图。因为计划流程图的姿态像棵苹果树，人称“苹果树”挂图。有了“苹果树”，总设计师、总工程师们心中有大局，在工作中可以辨明主次，清晰要害，以寻求最优计划进行打破。

　　1983年11月，由钱学森等著《论系统工程》，由湖南科学技能出书社出书。《论系统工程》收入钱学森及其合作者研讨系统工程的20篇论文，加上介绍性的前言和一篇系统工程在我国开展的前史，共18万字。《论系统工程》一书的出书，标明钱学森关于系统工程的研讨到了老练的阶段。

　　钱学森在《论系统工程》一书中，罗列了一系列系统思维与系统工程——社会系统工程、军事系统工程、信息系统工程、科学系统工程、农业系统工程、计量系统工程、规范系统工程、人才系统工程、环境系统工程、行政系统工程、法制系统工程，以及科学学、思维科学、人体科学、社会科学、哲学和天然辩证法。

　　事实证明，系统工程对新我国的建造起着重要的作用。后来的三峡大坝、西气东输、南水北调、奥运会工程建造和奥运会安排、2009年国庆阅兵工程，无一不是系统工程，需要以系统工程的科学办法加以统筹，加以办理。

　　风趣的是，林黛玉究竟是几岁来到贾府，原本是困惑红学家们的难题。江苏省镇江市科委的彭昆仑运用系统工程的技能与办法，凭借电子计算机破解了这个百年未解之谜：林黛玉到贾府的年纪应为9岁！

　　钱学森指出，从现代科学技能开展来看，一方面已有学科不断分化，越分越细，新学科、新领域不断发生，呈现出高度分化的特色；另一方面不同学科、不相同的领域之间彼此穿插、结合与交融，向归纳性、全体化的方向开展，呈现出高度归纳的趋势。系统科学便是这后一开展的新趋势中最具有基础性的学识。

　　钱学森指出，使用系统论办法，要从系统全体动身将系统进行分化，即“化整为零”；在分化后研讨的基础上，再归纳集成到系统全体，即“聚零为整”；终究从全体上研讨和处理实际问题，完成1＋1＞2的作用。

　　从1986年1月7日开端，钱学森倡议的“系统学评论班”在北京正式进行学术评论活动。许多有爱好于此的来自不同学科的学者，参加了评论。各种思维在这里亮光，各种观念在这里比武。在磕碰中发生的思维火花，照亮了系统科学的探究之路。钱学森参加了每一次的评论，并且每一次都由他作小结。通过一次又一次的评论、争辩，使系统科学的研讨逐渐深化。

　　1990年在《天然》杂志第一期宣布了钱学森、于景元、戴汝为的文章《一个科学新领域——敞开的杂乱巨系统及其办法论》，成为系统科学的奠基之作。这篇重要的论文，把“经历和专家判断力相结合的半经历半理论的办法”进一步地加以进步和系统化，提炼出“敞开的杂乱巨系统”的概念；并以系统论的观念，在社会系统、地舆系统等实践的基础上，提出处理“敞开的杂乱巨系统”的办法论，即“从定性到定量归纳集成办法”。

　　钱学森指出系统科学在现代科学技能系统中的位置，即“三个层次和一个桥梁”：

　　“三个层次”分为，直接用来改造国际的使用技能（工程技能），即系统工程；为使用技能直接供给理论办法的技能科学，如运筹学、控制论等；再往上一个层次便是提醒客观国际规则的基础理论，也便是基础科学，即系统学。

　　树立系统学的科学系统，要发挥咱们的优势，这便是在马克思主义哲学的指导下，遵从正确的办法论，既广泛吸收各个学科的效果，加以融会贯通，又要联络我国的实际问题，从中取得正确的动力并得到查验。

　　钱学森认为，这个科学技能系统从横向上看，有11大科学技能部门，即：天然科学、社会科学、数学科学、系统科学、思维科学、行为科学、人体科学、军事科学、地舆科学、修建科学、文艺理论。其间的文艺只要理论层次，实践层次上的文艺创作，就不是科学识题，而是归于艺术领域了。

　　钱学森指出，科学常识的特色是，不仅能答复是什么，还能答复为什么。但人类从实践中还取得了许多的理性常识和经历常识，这部分常识的特色是只知道是什么，还不能答复为什么，所以进入不了现代科学技能系统之中。咱们把这部分常识称作前科学。前科学处于该系统结构的底层。早年科学到科学再到哲学这样三个层次的常识，就构成了人类的整个常识系统。

　　1991年10月16日，当国务院、向钱学森颁发“国家杰出贡献科学家”荣誉称号时，钱学森向、汇报了他的下一个愿望，“咱们可彻底树立起一个科学系统，并且运用这个科学系统去处理咱们社会主义建造中的问题。我在往后的余生中就想促进这件工作。”

　　尔后不久，中心扩大会议听取了钱学森关于设置国家级“总体设计部”的主张，并给予充分肯定。

　　1991年12月11日下午2时，北京中关村学术陈述厅举办系统工程学说陈述会。于景元等一批科学家来到那里。钱学森戴了一顶蓝色的干部帽、穿了一件褪得发黄的棉大衣也来到会场。钱学森是第六个上台说话，他就系统工程学说讲了60分钟。

　　当钱学森讲完，我国科协副主席高镇宁走上了讲台。他说：“今日是钱老的80生日……”会场里先是一片惊惶声，紧接着是一片火热的掌声。

　　高镇宁接着说，钱老从禁绝咱们为他祝寿，送蛋糕、生果也一概退回，还要批判……今日，是他的80大寿，咱们只为他预备了半斤茶叶，但是，仍是被他退了回来。

　　2008年1月19日，在看望钱学森的时分，这样提及钱学森的系统工程理论：

　　钱老，您在科学生计中建树许多，我学了今后深受教益。上世纪80年代初，我在中心党校学习时，就读过您的有关陈述。您这个理论（指系统工程理论）着重，在处理杂乱问题时必定要注意从全体上加以掌握，统筹考虑各方面要素，这很有创见。现在咱们着重科学开展，便是重视顾全大局，重视全面和谐可持续开展。

　　钱学森是咱们公认的系统科学与系统工程的开创者和奠基者。钱学森期望能有许多学者一同参加系统科学的研讨。他指出：

　　咱们若是把这件事做成了，将会是轰动国际的，在科学史上的含义将不亚于相对论和量子力学。